Den 1 juli 2011 tar Jordbruksverket över en del av de ansvarsområden som Fiskeriverket har. Det gäller bland annat frågor om fritidsfiske och vattenbruk samt hantering av EU-stöd inom fiskenäringen.
Vid halvårsskiftet 2011 bildas en ny statlig myndighet, Havs- och vattenmyndigheten. Samtidigt läggs Fiskeriverket ner. Den nya myndigheten tar över stora delar av dess verksamhet inom områdena hav och vatten. Även verksamhet inom dessa områden som Naturvårdsverket i dag arbetar med flyttas över till den nya myndigheten. Resten av Fiskeriverkets uppgifter flyttas till Jordbruksverket.